На протяжении всего повествования "проницательный читатель" постоянно возникает на страницах романа, лезет со своими "глубокомысленными", претенциозными суждениями и догадками. Дважды автор "выгоняет его в шею", но каждый раз он снова возвращается, снова навязывает свои требования и вкусы. Наконец, когда "Проницательный читатель" заговаривает о "синем чулке" (по поводу занятий Веры Павловны медициной), он вызывает уже не иронию, а настоящий гнев Автора, который в яростном негодовании изобличает и в третий раз - уже окончательно - выталкивает в шею "Проницательного читателя" из своего романа.

Опираясь на традицию Гоголя, Чернышевский выработал новаторские приемы композиции, которые привели к зарождению нового жанра - интеллектуального романа. Дополнительная "сюжетная линия", связанная с борьбой Автора с "Проницательным читателем", особенно ярко обнаруживает связь композиционного новаторства романиста с его жанровым новаторством. Непрерывный поединок, который происходит на протяжении всего романа между ними, - это поединок на арене мысли, мировоззрения. Но в этой борьбе обнаруживаются не только идейные позиции, но и характеристические свойства ума противников: воинствующая непримиримость, презрение и насмешливость, "веселое лукавство ума", прямота и настойчивость у Автора, тупоумие, лицемерие, пошлость и непомерные претензии на глубокомыслие у "Проницательного читателя".

Внесюжетные элементы композиции оказались необходимы романисту и для утверждения социалистических идеалов. Из социалистического будущего героям романа удается "перенести в настоящее" - в свою собственную жизнь и взаимоотношения - достаточно много, не выходя за пределы своего времени.