Урбан VI дал понять пленнику, что он и его друзья могут избежать петли, если окажут его святейшеству кое-какие услуги. Косса ответил папе, что занимался пиратством по неведению и, чтобы искупить причиненное им зло, готов стать священником или монахом — как будет угодно его святейшеству.

Возглавив папские войска, Косса выступил против врагов папы и неожиданным ударом разгромил их, а затем гнал до самого побережья. В Ночеру Балтазар доставил трофеи — одиннадцать катапульт, захваченных у неприятеля.

Урбан VI дал Коссе новое поручение — заняться расследованием дел тех кардиналов, которые поддерживали Климента VII.

Во время процесса Косса выполнял обязанности не только следователя, но и палача, собственноручно пытая престарелых епископов и кардиналов. В конце концов девять из них были задушены или зарезаны, а девять — зашиты в мешки и утоплены. Причем Косса вел следствие, уже будучи посвященным в церковный сан.

Закончив первоочередные дела, Урбан VI поручил Коссе готовить войска для войны с французами и венграми, но она так и не началась: возвращаясь из города Лукка в Рим, папа, по свидетельству историка Западной Церкви Виореджо, упал с мула и вскоре умер.

Новый папа, Петр Томачелли, принявший имя Бонифация IX, был неаполитанцем и ровесником Балтазара, но… весьма недалеким, к тому же безграмотным. Естественно, он не мог обойтись без такого образованного человека, как Косса, проучившегося пять лет в лучшем университете Италии, а потому немедленно назначил его архидиаконом в соборе святого Евстафия. Собор находился в Ватикане, и Косса, таким образом, всегда был «под рукой» у папы.

По мнению секретаря Ватикана Дитриха фон Ниму, Бонифаций IX не мог ничего решить самостоятельно, и всеми делами фактически заправлял Косса. Он составлял папские буллы и энциклики, писал тексты анафем, которые папа направлял своим врагам, устанавливал цены за должности, объявлял аукционы по ним и придумывал другие способы пополнения папской казны.