Во всех военных походах Балтазара сопровождали два старых пирата — Ринери Гуинджи и Гуиндаччо Буанакорса. Первый из них, знакомый с теологией, благодаря поддержке Коссы стал епископом Фано. Гуиндаччо остался простым священником, ибо даже Косса не решался дать ему более высокий сан.

В ноябре 1406 года Балтазара известили о том, что в Риме скоропостижно скончался от апоплексического удара папа Иннокентий VII, преемник Бонифация IX, правивший всего два года.

Э. Фанчелли писал: «Все знали, что папа Иннокентий VII постоянно завидовал политическим успехам своего легата и помышлял о том, чтобы лишить его управления Болоньей. И когда он умер, поползли слухи, что он отравлен Коссой и его единомышленниками. Со временем эти слухи подтвердились».

В ноябре 1406 года конклав избрал папой Анджело Коррариро, который принял имя Григория XII. Первым протокол об избрании папы подписал Балтазар Косса.

Григорий XII находился в зависимости от всесильного кардинала. Он во всем советовался с ним, оставил его своим легатом в Болонье. Это был наиболее видный и значительный пост в папском государстве. Косса стал первым из кардиналов. Но постепенно Григорий XII стал тяготиться опекой Коссы и, чтобы ослабить его влияние в среде высших священнослужителей, назначил новых кардиналов. Отношения между папой и первым кардиналом резко обострились. Григорий XII предал Балтазара Коссу анафеме и лишил звания и прав легата. Жители Болоньи и Романьи освобождались от клятвы верности Коссе.

В ответ на это Косса объявил себя абсолютным и независимым властелином областей, которыми он ранее управлял от имени папы. Кроме того, он приступил к объединению священнослужителей и правителей государств, недовольных правлением папы Григория XII.