Находясь в Афинах в первые годы Пелопоннесской войны, Фукидид стал свидетелем борьбы политических партий. Война явилась следствием растущего соперничества между Пелопоннесским союзом, возглавлявшимся Спартой, и Афинами – двумя мощными политическими центрами Древней Греции. Она была и ярким проявлением конфликта между демократией и олигархией – режимами, которые господствовали в Спарте и Афинах. Сам Фукидид по своим политическим взглядам был скорее приверженцем демократии, хотя весьма умеренным. Он поддерживал сторонников партии Перикла, а самому Периклу досталось немало лестных слов в «Истории».

На второй год войны в Афинах разразилась эпидемия чумы. Болезнь коснулась и Фукидида, но ему удалось быстро оправиться и избежать наиболее тяжелых осложнений.

В 424 году до н э. он был избран стратегом и во главе афинской эскадры послан к побережью Фракии для защиты афинских владений. Где и когда он обучался воинскому искусству – сведений нет. Но вряд ли бы афиняне избрали стратегом человека, не имеющего опыта в военном деле.

Шел восьмой год войны. Спартанский полководец Брасид предложил нанести удар по северным владениям Афин. На его стороне выступили македонский царь Пердикка, фракийский царь Севф и ряд городов Союза. Пройдя через Среднюю Грецию и Фессалию, Брасид подошел к Амфиполю. Защищавший этот форпост афинский стратег Евкл послал гонца к Фукидиду с просьбой о помощи. Но Фукидид опоздал и подошел к Амфиполю, когда тот был уже захвачен Брасидом. О своей неудаче Фукидид кратко рассказывает в четвертой книге «Истории», ничем не стараясь оправдать свою медлительность. Среди историков нет единого мнения о виновности Фукидида. Некоторые обвиняют его в медлительности, другие – в измене, но есть и такие, которые считают, что Фукидид стал жертвой оговора своих противников. Но для афинян виновность Фукидида была очевидной. За измену и потерю Амфиполя, а именно это ему и ставили в вину, он был приговорен к пожизненному изгнанию.