Из-за угрозы бомбардировок с воздуха и возможных артиллерийских обстрелов пункт управления было рискованно оставлять в Кремле, и Ставку перенесли в центр стратегического управления вооруженными силами. Здесь были кабинеты Сталина и Шапошникова, комнаты для размещений сотрудников оперативной группы Генерального штаба и управлений Наркомата обороны. Здесь же проходили встречи Сталина с членами ГКО, Ставки и руководителями промышленности.

С самых первых дней после создания Ставки Верховного Главнокомандования перед Сталиным и начальником Генерального штаба Жуковым встал вопрос о наиболее приемлемых методах руководства войсками. События показали, что не всякая форма оказывалась удачной.

Постановлением ГКО № 83 СС от 10 июля 1941 года было создано три главных направления: Северо-Западное во главе с Ворошиловым, Западное во главе с Тимошенко и Юго-Западное во главе с Буденным. Но опыт показал, что эти направления охватывают слишком большое пространство театра военных действий и в условиях полного отступления советских войск контролировать события невозможно. К тому же скоро выяснилось, что большинство командующих направлениями не справляются со своими обязанностями и вообще оказались непригодными к руководству войсками в современной войне.

Сталин не мог не понимать, что военных знаний о современной войне ему явно не хватает. В области стратегии он быстро нашел себя как блестящий политик, но до постижения оперативно-тактического искусства ему было далеко. Когда в августе на своем докладе об общей обстановке Жуков предложил отвести за Днепр войска, обороняющие Киевский укрепрайон, во избежание их полного окружения, а следовательно оставить столицу Украины, Сталин пришел в ярость, оскорбил Жукова, а тот потребовал своей отставки с поста начальника Генерального штаба.

Отставка была дана, Жуков поехал командовать войсками Резервного фронта под Ельню, и его место занял маршал Шапошников, правой рукой которого был его заместитель Василевский. Сталин и к новому начальнику Генерального штаба первоначально относился, как и к Жукову.