28 июня пал Минск, в районе которого была окружена значительная группа советских войск. Прибегать к репрессиям в отношении наркома обороны и начальника Генерального штаба Сталин не стал, но уже на следующий день (30 июня) Тимошенко был послан командовать Западным фронтом вместо арестованного за поражение генерала Павлова. Верховное командование Красной Армии перешло к Сталину, который стал Верховным главнокомандующим.
10 июля началось Смоленское сражение, разгоревшееся на фронте в 650 километров. Еще раньше, 7 июля, началась битва за Киев, куда устремились германские войска группы армий «Юг». И на западе и на юге удалось замедлить продвижение войск противника, а затем заставить его перейти к обороне. Советским войскам было приказано не отступать ни шагу назад и в плен не сдаваться. Как начальник Генерального штаба Жуков подписал приказ № 270, который говорил о расстрелах за сдачу в плен или за самовольный уход с позиций. Но и сам он понимал необходимость более гибкого руководства войсками и в конце августа доложил Сталину о необходимости отвести большую часть войск Юго-Западного фронта за Днепр. Жуков говорил об опасности ее полного окружения немецкими танковыми группами, а также о необходимости организовать контрудар на ельнинском направлении, где в ходе Смоленского сражения образовался выступ, который командование группы армий «Центр» могло использовать для наступления на Москву. На вопрос Сталина, что же будет с Киевом в случае отвода войск, Жуков определенно ответил – придется оставить. Сталин вспылил, обругал Жукова, тот потребовал своей отставки с поста начальника Генерального штаба. Верховный объявил, что может обойтись и без него, и пусть теперь Жуков сам едет под Ельню и решает там вопрос, который сам поставил.