И все же первый удар Гитлера смешал военным все их карты. Уже 22 июня 1941 года Генеральным штабом был подготовлен проект указа о проведении всеобщей мобилизации и образовании Ставки, которую должен был возглавить непосредственно Сталин. Однако он не согласился принимать эту должность, и председателем Ставки Главного Командования был назначен нарком обороны Маршал Советского Союза С.К.Тимошенко.
Скоро Сталину пришлось пожалеть об этом назначении. Прежде всего, Тимошенко мог распоряжаться лишь войсками, с которыми часто не мог наладить связь. Ни подготовкой и использованием стратегических резервов, ни вопросами материально-технического обеспечения войск, тесно связанными с другими отраслями народного хозяйства, он распоряжаться не мог.
К тому же вскоре выяснилось, что ни Тимошенко, ни Жуков вовсе не горят желанием сообщать Сталину о просчетах в их собственных планах. О падении Минска Сталин узнал от органов НКВД, а его генералы молчали об этом целых два дня.
Сразу же после острого разговора с генералами Сталин уехал на ближнюю дачу в Волынское и на протяжении нескольких часов не давал знать о себе даже своим сподвижникам.
И тогда 30 июня ведущие члены Политбюро выехали к Генеральному секретарю и председателю Совнаркома, чтобы предложить ему реальный выход из кризиса. Они заявили, что надо создать чрезвычайный орган военного времени – Государственный комитет обороны, и предложили Сталину возглавить его. Сталин согласился с этим предложением.
Тимошенко был назначен командующим войсками Западного фронта. Жуков вскоре также отправился на фронт, и его место уже в третий раз занял Шапошников.
30 июня был образован Государственный комитет обороны (ГКО) во главе со Сталиным. Заместителем его стал В.М.Молотов, членами – К.Е. Ворошилов, Г.М. Маленков, Л.П. Берия. Впоследствии в ГКО были включены А.И. Микоян, Н.А. Вознесенский, Л.М. Каганович и Н.А. Булганин. Легко заметить, что в составе ГКО не было ни одного профессионального военного. ГКО было скорее политическим, чем военным органом, которому формально подчинялась и Ставка.