Бехтеревым была описана «одеревенелость позвоночника с искривлением его как особая форма заболевания» (сейчас более известна как болезнь Бехтерева, анкилозирующий спондилоартрит, ревматоидный спондилит), то есть системное воспалительное заболевание соединительной ткани с поражением суставно-связочного аппарата позвоночника, а также периферических суставов, крестцовоподвздошного сочленения, тазобедренных и плечевых суставов и вовлечением в процесс внутренних органов. Бехтерев также выделил такие заболевания, как хореическая падучая, сифилитический множественный склероз, острая мозжечковая атаксия алкоголиков. Эти, а также другие впервые выявленные ученым неврологические симптомы и ряд оригинальных клинических наблюдений нашли отражение в двухтомной книге «Нервные болезни в отдельных наблюдениях», изданной в Казани.

С 1893 г. Казанское неврологическое общество стало регулярно издавать свой печатный орган — журнал «Неврологический вестник», который выходил до 1918 г. под редакцией Владимира Михайловича Бехтерева.

Весной 1893 г. Бехтерев получил от начальника Петербургской военно-медицинской академии приглашение занять кафедру душевных и нервных болезней. Бехтерев прибыл в Петербург и начал создавать первую в России нейрохирургическую операционную.

В лабораториях клиники Бехтерев вместе со своими сотрудниками и учениками продолжал многочисленные исследования по морфологии и физиологии нервной системы. Это позволяло ему пополнить материалы по нейроморфологии и приступить к работе над фундаментальным семитомным трудом «Основы учения о функциях мозга».

В 1894 г. Бехтерев был назначен членом медицинского совета Министерства внутренних дел, а в 1895 г. он стал членом Военно-медицинского ученого совета при военном министре и тогда же членом совета дома призрения душевнобольных.

В ноябре 1900 г.