Б.Г. Ананьев вернулся в Ленинград, где возглавил образованную в Ленинфадском государственном университете кафедру психологии. Он сам подобрал большую часть преподавательского состава кафедры, организовал работу психологического отделения философского факультета. В это время он опубликовал большое количество работ, которые касались изучения осязания и других видов чувствительности, психологии речи, некоторых проблем детской психологии. Также Б.Г. Ананьев продолжал заниматься историей психологии и психологией личности. В 1947 г. он опубликовал монофафию «Очерки истории русской психологии XVIII—XIX вв.». В некоторых статьях отчетливо просматривалась его идея о связи формирования характера и познания человека человеком, о некоторых закономерностях формирования человеческого самосознания.

На рубеже 1940—1950-х гг. Б.Г. Ананьев обращается к изучению нового направления, эмпирические основы которого были заложены в его работе в Институте мозга. Ученый занялся исследованием билатеральности мозга и его функций.

В 1957 г. на торжественном собрании, посвященном юбилею Б.Г. Ананьева, ученый выступил с речью, в которой он обосновывал необходимость комплексных исследований человека, синтезирующих все существующие антропологические знания. Эту же мысль он выразил в статьях «Человек как общая проблема современной науки» и «О системе возрастной психологии», опубликованных в том же году. Однако эта идея в то время не была принята психологами.

Активная деятельность ученого была приостановлена болезнью: в ноябре 1959 г. Ананьев перенес инфаркт. В следующее десятилетие своей жизни Борис Герасимович занимался исключительно научно-публицистической деятельностью, в 1962—1966 гг. он написал серию статей. В них он попытался реализовать замысел, возникший у него ранее, обобщил все исследования своих предшественников, а также свои собственные, обосновывая комплекс-ный подход в исследовании человека. Большое влияние на него оказал опыт предшественников, в первую очередь В.М. Бехтерева.