Позволю себе напомнить, что в соответствии с Постановлением Совета народных комиссаров СССР и ЦК ВКП(б) от 3 февраля 1941 г. о разделении НКВД СССР на НКВД СССР и НКГБ СССР военная контрразведка была выделена из состава НКВД и передана наркоматам обороны и Военно-морского флота СССР. В их составе были созданы 3 Управления, соответственно НКО СССР и НКВМФ СССР. То есть с указанного времени они подчинялись наркому оборону маршалу Тимошенко, начальнику Генерального штаба генералу армии Жукову и наркому военно-морского флота Кузнецову. Упомянутая выше директива № 35523 от 27 июня 1941 г. была издана 3-м Управлением НКО СССР с прямой санкции Тимошенко и Жукова, и ими же подписана!

В соответствии с постановлением Государственного Комитета Обороны № 187с от 17 июля 1941 г. органы 3-го Управления НКО были преобразованы в особые отделы и возвращены в прямое подчинение вновь объединенного НКВД. Своей директивой № 169 от 18 июля 1941 г. нарком внутренних дел СССР Л.П. Берия разъяснил задачи особых отделов в свете проведенной реорганизации следующим образом: «Смысл преобразования органов Третьего управления в особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу со шпионами, предателями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникёрами и дезорганизаторами. Беспощадная расправа с паникёрами, трусами, дезертирами, подрывающими мощь и порочащими честь Красной Армии, так же важна, как и борьба со шпионами и диверсией». В процессе этого преобразования под юрисдикцию НКВД СССР перешли и созданные НКО заградительные отряды.