"Целинный вопрос" тоже был изучен комиссией, поскольку некоторые ученые в 1949-51 годах буквально "бомбили" письмами Лысенко, Немчинова и Андреева, лоббируя идею экстенсивного развития сельского хозяйства страны - освоения новых земель прежними агротехническими методами, с "помощью" массового использования химических удобрений и передела региональных структур площадей и землеиспользования.

В документах комиссии отмечается, что распашка под пшеницу примерно 40 млн. гектаров целинных земель, существенно отличающихся по своим свойствам и требуемым методам обработки от сельхозугодий других районов СССР, приведет к постепенной и практической не поддающейся предотвращению деградации этих земель, к негативным изменениям экологической ситуации в обширном регионе страны и, соответственно, к резкому увеличению затрат по поддержанию плодородия целинных почв. Подчеркивалось, что временный эффект, который выразится в больших урожаях на целине, не превысит 2-3 года. Затем с помощью химических средств и увеличения объемов искусственного орошения можно будет добиваться лишь поддерживания уровня урожайности (т.е. уровня предыдущих 2-3 лет), но никак не дальнейшего ее роста.

Ввиду особенностей почвы и климата в целинных районах урожайность там, как отмечалось комиссией Лысенко-Немчинова, будет в 2-3 раза ниже урожайности в традиционных сельхозрайонах СССР (Украина, Молдавия, Северный Кавказ, Центрально-Черноземный регион, ряд районов Поволжья). Искусственное же наращивание ее за счет химикатов и орошения приведет к неустранимому загрязнению и засолению почв, а значит - к быстрому распространению эрозии, в том числе на естественные водоемы в "целинном" регионе. Такая тенденция предопределит, в частности, ликвидацию животноводства как сельхозотрасли в регионе от Волги до Алтая. В первые 5-6 лет запасы плодородного слоя почвы, гумуса, на целинных землях сократятся на 10-15 %, а в дальнейшем этот показатель составит 25 - 35 % в сравнении с "доцелинным" уровнем.