Гроза разразилась в январе 1160 года. Ёситомо, вступив в сговор с Фудзиварой Нобуёри, молодым аристократом из недовольных, во главе пяти сотен отборных рубак захватил императора и Го-Сиракаву (тот стал уже экс-императором) и принялся избивать политических противников и их присных. Киёмори с небольшим отрядом засел в своей резиденции. Нобуёри объявил себя канцлером и вместе с Ёситомо засел в Большом Дворце. Киёмори предложил переговоры. Мятежники медлили, не зная на что решиться. Но тут агенты Киёмори ухитрились выкрасть мальчика-императора и освободить Го-Сиракаву. К Киёмори прибыли подкрепления. Большой Дворец был осажден, начались кровопролитные бои. Ёситомо сопротивлялся отчаянно и искусно, но в конце концов вынужден был пойти на прорыв и бежать. Так закончилась первая схватка между Тайра и Минамото, названная впоследствии мятежом Хэйдзи.

Внешне все осталось, как было: император, экс-император, регент. Но отныне над всеми ними встала грозная фигура Тайра Киёмори, опиравшаяся на десятки тысяч самурайских мечей. Клан Минамото исчез с политической арены. Киёмори правил во дворце, в столице, в стране железной рукой, беспощадно пресекая малейшие попытки противиться его воле. Важнейшие государственные посты и наместничества в провинциях заняли его родственники и верные ему люди. Он организовал всепроникающий политический сыск и утвердил пытку и заложничество как регулярные методы дознания. Уцелевшие вожди Минамото боялись шелохнуться в своих уделах и местах ссылок. Чванливая аристократия трепетала при упоминании его имени. Он выдал одну из дочерей за регента, другую положил в постель самого императора. Он занял должность канцлера и получил высшие придворные звания. Наконец он заключил под стражу экс-императора Го-Сиракаву и заставил императора отречься от престола в пользу трехлетнего сына, которого родила императору его, Киёмори, родная дочь. Казалось, владычеству клана Тайра не будет конца.