В 1961 г. Московский государственный экономический институт и Московский институт народного хозяйства объединились. Под крышей последнего с 1 сентября 1961 г. начинается отсчет деятельности Л.И. Абалкина, как преподавателя. Он становится ассистентом кафедры политэкономии. На этой кафедре он проработал 15 лет, пройдя все ступени научной и педагогической карьеры: старший преподаватель, доцент, доктор экономических наук, профессор, заведующий кафедрой. С 1966 по 1968 г. являлся секретарем парткома института. В связи с избранием на эту должность запомнился эпизод, характерный для того времени. Должность секретаря парткома МИНХа была номенклатурной для МГК партии, и кандидат должен был утверждаться на заседании Секретариата, который вел Первый секретарь МГК, член Политбюро ЦК КПСС В.В. Гришин. Когда Абалкина представили, один из присутствовавших высказал недоумение: «Как же так, заведующий кафедрой и одновременно секретарь парткома?» На что В.В. Гришин категорично возразил: «Почему ректор может быть заведующим кафедрой, а секретарь парткома нет?». В результате Абалкина утвердили, и, в общей сложности, заведующим кафедрой он проработал 10 лет.

В 1970 г. он защитил докторскую диссертацию: «Роль государства в регулировании социалистической экономики». В 1976 г. Л.И. Абалкина пригласили на должность заместителя заведующего кафедрой проблем управления в Академии общественных наук при ЦК КПСС, тогда же он становится консультантом Брежнева. В 1978 г., когда АОН объединилась с Высшей партийной школой, возникла вакансия заведующего кафедрой политэкономии. Роль заведующего кафедрой политэкономии главного партийного высшего учебного заведения страны в те годы было трудно переоценить. Она была суть политическая, ключевая в плане подготовки кадров по важнейшей дисциплине, от уровня преподавания которой во многом зависели статус и положение выпускников одного из самых престижных учебных заведений страны.