Как отмечено в Указе «Об Администрации Президента РФ», Руководитель АП, заместители Руководителя, помощники, советники подчиняются непосредственно Президенту РФ. Самостоятельные подразделения АП, управления, состоят из департаментов, назначают руководителей которых и штат которых комплектуют, как раз, помощники Президента РФ.

В марте-апреле 2004 года 2 тысячи сотрудников АП были выведены за штат. Назад в штат вернулись не все. По некоторым данным — только чуть более 60%, по неофициальным данным или 70-80% по данным более официальных источников.

Из всех управлений только 10 сохранили прежние функции и полномочия:

Канцелярия Президента РФ;

Референтура Президента РФ;

Аппарат Совета безопасности РФ;

Контрольное управление Президента РФ;

Государственно-правовое управление Президента РФ;

Экспертное управление Президента РФ;

Управление Президента РФ по внутренней политике;

Управление Президента РФ по внешней политике;

Управление Президента РФ по работе с обращениями граждан;

Управление информационного и документационного обеспечения Президента РФ.

Три новых управления были созданы:

Управление Президента РФ по вопросам государственной службы;

Управление Президента РФ по обеспечению конституционных прав граждан;

Секретариат Руководителя АП.

Три управления были упразднены:

Экономическое управление;

Управление по вопросам гражданства и

Управление по вопросам помилования.

Три новые структуры оказались слиты из шести старых:

Пресс-служба и Управление информации (образовано Управление Президента РФ пресс-службы и информации);