С падением Хартума завоевание Судана практически завершилось, и Китченер уже считал свою миссию оконченной, когда неожиданно было получено тревожное известие о появлении в верховьях Нила, в 400 милях южнее, неизвестных туземных вооруженных формирований во главе с офицерами-европейцами. Этот вызов англо-египетскому контролю над Суданом должен был получить незамедлительный отпор. 10 сентября 1898 г. "сердар" во главе горных стрелков, двух батальонов дружественных суданцев и батареи горных пушек погрузился на суда своей незаменимой флотилии и отправился в новый поход. Канонерские лодки "Султан", "Фатех", "Назир", "Абу Клеа" и пароход "Дал", волоча на буксирах несколько барж, опять потащились вверх по Нилу. Судьба распорядилась так, что лейтенант Битти в очередной раз оказался в центре событий, получивших общеевропейский резонанс и вошедших в историю дипломатии под названием Фашодского кризиса 1898 г.
19 сентября с борта канонерок увидели форт Фашоду, над которым развевался огромный французский флаг. Как выяснилось, там обосновались 120 туземцев и 8 европейцев под командованием капитана Жана Батиста Маршана, которые проделали беспримерный марш из Сенегала, пройдя пешком почти весь Африканский континент с запада на восток. Битти, конечно же, не имел возможности принимать участия в переговорах. Он вместе с генералом Смит-Дорриентом только наблюдал за ними в бинокль с мостика "Фатеха". Они увидели, как на борт парохода "Дал" поднялся французский офицер, которого встретил сам Китченер. После церемонных поклонов, салютов и воинских приветствий они приступили к делу. "Сердар" и французский капитан громко кричали, жестикулировали и, расстелив на столе карту, все время тыкали в нее пальцами. На следующий день Китченер нанес визит французам, а Смит-Дорриен руководил высадкой войск на берег.