В это же время вице-президент Адмиралтейств-коллегии адмирал граф Кушелев поручает Корнилову составление книги сигналов и наставлений для гребного флота. Разработанный А.М.Корниловым проект был дважды (летом 1779–го и в 1800 году) проверен практически под его личным командованием и в присутствии императора, утверждён и издан для руководства флоту под названием «Сигналы, посредством коих производятся тактические действия гребного флота». В этот капитальный труд Корнилов внёс весь свой продолжительный, почти двадцатилетний боевой опыт службы на флоте, но из-за своей скромности всю часть его составления приписал графу Кушелеву.

При жизни Павла I Корнилов получил от него ещё один орден — Святого Иоанна Иерусалимского. Затем, при восшествии на трон Александра I, Алексей Михайлович ещё два года командовал 2–й гребной эскадрой при петербургском порту, а в 1803 году вышел в отставку в чине капитан-командора. Тут судьба делает удивительный поворот: почти всё время правления Александра Павловича Алексей Михайлович Корнилов проводит в Сибири. Сначала в должности Иркутского губернатора при Сибирском генерал-губернаторе Пестеле, затем и Тобольского губернатора. Результатом его двадцатилетней службы на окраине империи стала написанная книга «Замечания о Сибири», изданная в Санкт-Петербурге в 1828 году.

Это — труд государственно мыслящего деятеля недюжинного и проницательного ума и широких политических взглядов на задачи своих преемников по управлению далёкими окраинами. Корнилова глубоко интересовало и не оставляло равнодушным почти всё, что он видел и с чем столкнулся в губерниях, будь то бедственное положение кочевых народов Сибири; улучшение судоходства на Иртыше и Оби; усовершенствование местной промышленности; увеличение числа городов; раздача крестьянам пустующих земель и многое другое. И в каждой строке этой книги — заботливая и внимательная любовь к России.