Под его руководством была разработана десятилетняя программа судостроения, в которой намечалось строительство современных кораблей, включая авианосцы. Адмирал Н. Г. Кузнецов предопределил развитие отечественного ВМФ. Однако после войны боевой, прямолинейный и не идущий на компромиссы с совестью нарком становится ненужным. «Архангельский» адмирал представлял неудобную фигуру для окружения И. В. Сталина, снятие его с должности было связано также с принятием первой послевоенной кораблестроительной программы.

Его настойчивость и решительность по воплощению судостроительной программы, несогласие с разделением Балтийского флота вошли в противоречие с позицией И. В. Сталина и высшего военного руководства страны. Наркомат ВМФ был разделен, а Н. Г. Кузнецов снят с должности. Затем ему пришлось испытать позорный «суд чести адмиралов» и суд Верховной коллегии Верховного суда СССР. Во время устроенного судилища Николай Герасимович всеми силами защищал прежде всего не себя, а своих подчиненных — адмиралов Л. М. Галлера, В. А. Алафузова и вице-адмирала Г. А. Степанова, показав всем яркий пример смелости и гражданского мужества. К сожалению, честь и достоинство оказались тогда бессильными перед ложью и подлостью. Его не посмели посадить в тюрьму, но он был снят с работы и разжалован до контр-адмирала. С 1948 по 1951 год Н. Г. Кузнецов служил в Хабаровске заместителем главкома войск Дальнего Востока по военно-морским силам, а затем — командующим Тихоокеанским (5-м) флотом.

Руководить столь сложным организмом, как Военно-морской флот, дано не каждому. Говорят, что незаменимых людей нет. Однако бывают исключения… Летом 1951 года И. В. Сталин возвращает Н. Г. Кузнецова на работу в Москву в качестве военно-морского министра. Адмирал вновь поднялся на «капитанский мостик» флота страны, когда были востребованы его широкий кругозор, государственный масштаб и эрудиция, знания, практический опыт, талант флотоводца, особые человеческие качества — уверенность в своих силах, независимость, твердость характера, простота и доступность.