Джон Каннингхэм имел семерых детей. Его сын Дэниел Каннингхэм (отец будущего адмирала) окончил с отличием медицинский факультет Эдинбургского университета и сделал блестящую научную карьеру. Всего 2 года спустя после окончания университета он получил ученую степень доктора медицины, а его диссертация была отмечена золотой медалью.
В 1879 г. Дэниел Каннингхэм женился на Элизабет Браун, также дочери священника. Три года спустя молодая семья переехала в Ирландию. Доктор Каннингхэм получил должность профессора анатомии в Колледже Тринити, в Дублине, где проработал 20 лет. «Мой родитель был неутомимым тружеником», — вспоминал адмирал Каннингхэм, «В Колледж Тринити он уходил в 7.30 утра и проводил там целый день, а возвратившись домой, вечером еще работал в своем кабинете до полуночи. Мы, дети, виделись с ним редко, за исключением летних каникул, хотя иногда, когда мы ложились спать, он проводил с нами полчаса, рассказывая истории о животных или читая вслух книжки. Его очень любили не только коллеги из университета и студенты, но вообще все, кто его знал».
Дениэл Каннингхэм не ограничивался только рутинной административной работой по руководству кафедрой. Будучи в Дублине, он написал «Руководство по анатомии» и возглавил авторский коллектив учебника на ту же тему, над которым работали многие известные анатомы — ученики сэра Уильяма Тэрнера. Обе эти книги выдержали несколько переизданий и долгое время считались в Англии образцовыми работами. Каннингхэм-старший также являлся автором многочисленных статей, опубликованных в различных научных журналах. Несомненно, что в то время в английских медицинских кругах он считался одним из ведущих ученых-анатомов и преподавателей анатомии.
Впоследствии, в 1904 г. Дэниела Каннингхэма пригласили в Эдинбургский университет, где он возглавил медицинский факультет. В этом качестве он проработал там до самой своей смерти в 1909 г. 20 лет, прожитых в Дублине, профессор Каннингхэм считал самыми счастливыми в своей жизни. В ирландской столице у него было множество увлечений помимо работы.