9 августа военные советы Северо-Кавказского фронта и Черноморского флота приняли решение возложить на него, контр-адмирала С. Г. Горшкова, командование объединенными силами Азовской флотилии, Керченской и Новороссийской военно-морских баз.

11 августа он получил приказ принять от 47-й армии сухопутную оборону Таманского полуострова и немедленно занять оборонительные рубежи частями морской пехоты.

12 августа для управления всеми силами, оборонявшими полуостров, С. Г. Горшков приказал развернуть флагманский командный пункт флотилии в селении Су-Псех, близ Анапы, — оттуда было удобнее координировать и согласовывать действия сил, оборонявших морские и сухопутные рубежи.

Для укрепления обороны и улучшения ее организации командующий, которому были оперативно подчинены Темрюкская, Керченская и Новороссийская военно-морские базы, своими приказами от 11 и 12 августа определил участки обороны полуострова и закрепил их за отдельными частями. Однако создать своими силами глубоко эшелонированную оборону не было возможности.

13 августа начались жестокие неравные бои под Темрюком: 20 тысяч гитлеровцев, оснащенных танками, наседали на 2 батальона морской пехоты и 2 пулеметные роты, поддерживаемые береговой и зенитной артиллерией, несколькими канонерскими лодками и сторожевыми катерами. Несмотря на очевидную тяжесть положения у Темрюка, контр-адмирал знал: защитники Темрюкской военно-морской базы будут удерживать боевой рубеж столько, сколько это будет необходимо для основных сил флотилии, для сил фронта. И здесь действиями азовцев руководили опытнейшие командиры и политработники, под стать им был весь личный состав базы.

Не прекращавшиеся оборонительные бои, дерзкие рейды в тыл врага и по морю, и по суше, эвакуация флотилии из Ейска и защита Темрюка — таков далеко не полный перечень труднейших задач, решавшихся в начале августа.