Спустя много лет, в 1975 году, Василий Аксенов вспомнил свою магаданскую юность в автобиографическом романе «Ожог».

В 1956 году Аксенов окончил 1-й Ленинградский медицинский институт и получил распределение в Балтийское морское пароходство, где должен был работать врачом на судах дальнего плавания. Несмотря на то что его родители уже были реабилитированы, визу моряка ему не дали. В дальнейшем Аксенов работал карантинным врачом на Крайнем Севере, в Карелии, в Ленинградском морском торговом порту и в туберкулезной больнице в Москве (по другим данным, был консультантом в Московском научно-исследовательском институте туберкулеза).

С 1960 года Василий Аксенов — профессиональный литератор. Повесть «Коллеги» (написана в 1959 году; одноименная пьеса совместно с Ю. Стабовым — в 1961-м; одноименный фильм — в 1962-м), роман «Звездный билет» (1961) (по нему снят фильм «Мой младший брат», 1962), повести «Апельсины из Марокко» (1962), «Пора, мой друг, пора» (1963), сборники «Катапульта» (1964), «На полпути к Луне» (1966), пьеса «Всегда в продаже» (постановка театра «Современник», 1965); в 1968 году опубликована сатирико-фантастическая повесть «Затоваренная бочкотара», в 1970–1972 годах — приключенческая дилогия для детей «Мой дедушка — памятник» (1972) и «Сундучок, в котором что-то стучит» (1976). Экспериментальный роман «Поиски жанра» был написан в 1972 году. Также в 1972 году — совместно с О. Горчаковым и Г. Поженяном — Аксенов написал роман-пародию на шпионский боевик «Джин Грин — неприкасаемый» под псевдонимом Гривадий Горпожакс (комбинация имен и фамилий реальных авторов). В 1976 году перевел с английского роман Э. Л. Доктороу «Рэгтайм».

В 1960-х годах произведения В. Аксенова часто печатаются в журнале «Юность». Несколько лет он входит в редколлегию этого журнала.