Роман «Желток яйца» (1989) написан В. Аксеновым по-английски, затем переведен автором на русский.

Впервые после девяти лет эмиграции Аксенов посетил СССР в 1989 году по приглашению американского посла Дж. Мэтлока. В 1990 году Аксенову возвращают советское гражданство.

В 1980–1991 годах В. Аксенов в качестве журналиста активно сотрудничал с «Голосом Америки» и с «Радио Свобода». Аксеновские радиоочерки были опубликованы в авторском сборнике «Десятилетие клеветы» (2004).

В последнее время жил с семьей во Франции в Биаррице и в Москве.

Трилогия «Московская сага» экранизирована в России в 2004 году А. Барщевским в многосерийном телевизионном фильме.

В 2004 году в журнале «Октябрь» был опубликован роман «Вольтерьянцы и вольтерьянки».

Книга воспоминаний «Зеница ока» (2005) написана в форме личного дневника. Последние публикации В. Аксенова — роман «Таинственная страсть» и незаконченный роман «Ленд-лизовские».

Пятнадцатого января 2008 года в Москве В. Аксенов внезапно потерял сознание за рулем автомобиля, был госпитализирован в больницу № 23, где был диагностирован инсульт. Только через несколько часов Аксенов был перевезен в НИИ им. Склифосовского, где ему провели операцию по удалению тромба сонной артерии, затем Аксенова перевели в НИИ им. Бурденко. Позже Аксенова снова перевели в НИИ им. Склифосовского, где он скончался 6 июля 2009 года.

Василий Аксенов был похоронен 9 июля 2009 года на Ваганьковском кладбище в Москве. В Казани восстановлен дом, где в отрочестве жил писатель, создается музей Аксенова.

В США В. Аксенову было присвоено почетное звание Doctor of Humane Letters. Он являлся членом ПЕН-клуба и Американской авторской лиги. В 2004 году В. Аксенову была присуждена премия «Русский Букер» за роман «Вольтерьянцы и вольтерьянки». В 2005 году Василий Аксенов был удостоен французского ордена Искусств и литературы.