Моим всегдашним желанием было снарядить экспедицию для продолжения работ в Южном Ледовитом океане, начатых нашими знаменитыми исследователями адмиралами Беллинсгаузеном и Лазаревым». Таким образом, позднее, видимо, под влиянием С. О. Макарова, внимание Колчака было переориентировано на Север, к рубежам Российской империи. Тогда, по возвращении с Даль-него Востока, в Петербурге Колчак узнает о готовящейся Академией наук под руководством барона Э. В. Толля Русской полярной экспедиции. Она имела целью исследовать земли на севере от берегов Сибири. Предложить свои услуги Академии Колчак не решился. Однако судьба сама нашла его. Проплавав некоторое время во внутренних, российских водах на судне «Князь Пожарский», что было худшим вариантом деятельности для него, Колчак вскоре, в сентябре 1899 г., на эскадренном броненосце «Петропавловск» вновь отправился на Дальний Восток. В Средиземном море, во время стоянки корабля в греческом порту Пирей, Колчак совершенно неожиданно получил предложение из Академии, от Э. В. Толля, принять участие в упомянутой экспедиции. Оказывается, работы А. В. Колчака обратили на себя внимание барона, нуждавше-гося в трех морских офицерах. Оказал содействие и академик Ф. Б. Шмидт, к которому Колчак обращался ранее с просьбой выяснить, нельзя ли попасть в экспедицию. Поступившее предложение Колчак принял немедленно. Вопрос о временном переводе его с военной службы в распоряжение Академии наук был благополучно решен. Из Греции через Одессу он вернулся в Петербург и в январе 1900 г. явился к Толлю.

Начальник экспедиции предложил А. В. Колчаку руководить гидрологическими работами, а кроме того, быть и вторым магнитологом (помощником Ф. Г. Зеберга)*. Всю зиму и весну последнего года девятнадцатого столетия Колчак употребил на подготовку к экспедиции. Он работав в Павловской магнитной обсерватории, изучая теорию и производя практические работы по магнетизму. Работал и в петроградской Главной физической обсерватории.