Шли дни, будильник действовал на славу. Но все же Александр вынужден был признать, что его конструкция не без капризов. Иногда, без всяких к тому оснований, звонок принимался трезвонить невпопад. Александр стал доискиваться причины и обнаружил: будильник капризничает во время грозы. Как объяснить эту загадку? Мальчик обратился к Куксинскому. Но, увы, его опытный советчик на этот раз не мог удовлетворить любознательности своего юного друга. Что за фокусы выкидывал звонок, Куксинский и сам не понимал. Да и навряд ли в те времена нашелся бы человек, способный разгадать загадку самодельного будильника. Разгадал ее в конце концов сам Попов. Но случилось это много позднее.
Между тем Александр подрастал. Наступило время, когда пришлось серьезно подумать о его будущем. Отца тревожила мысль — куда отдать сына учиться? Конечно, мальчику следовало бы поступить в гимназию, но смущала большая плата за учение. И тогда Поповы решили, что Александр поступит в духовное училище, благо обучение там даровое, а дальше видно будет...
Девятилетним мальчиком Александр уехал за четыреста километров от родного дома изучать богословские науки.
В стенах духовного училища в городе Долматово, а затем в Пермской духовной семинарии, Александр провел около десяти лет. Это были томительные годы. Мертвые догмы богословия, чуждые складу пытливого ума — риторика, логика, и другие предметы — совсем не привлекали Попова. Правда, учился он хорошо, но чувствовал себя одиноким, чуждался товарищей, не видел удовольствия ни в драках, ни в проказах семинаристов. Он находил утешение в занятиях математикой и физикой.