Во многом благодаря его энергии в 2005 году стало возможно объединение «Яблока» и СПС на выборах в Мосгордуму: этого объединения не очень хотели в СПС, и взаимной симпатии со стороны «Яблока» тоже не было: Явлинский относился к этим коллегам по либеральному лагерю даже хуже, чем к коммунистам. Навальному пришлось взять на себя не только организационные вопросы: политическое лавирование и «разруливание» вышло тогда на первое место. В обеих партиях мало кто верил в успех, но вместе они преодолели 10 %-й проходной барьер и получили в московском парламенте три места из тридцати пяти. Многие даже надеялись, что долгосрочный союз либералов наконец состоится, но история распорядилась иначе, дальше общего списка дело не пошло.

Из беседы с Алексеем Навальным:

«…После выборов 2003 года очень много людей из партии ушло. Но мои ценности и система координат оставались прежними, проигрыш или выигрыш на это не очень влияли. Из партии я уходить не собирался. К тому же впереди были очень важные выборы – в Московскую городскую думу. И тогда, и сейчас депутат Мосгордумы круче, чем депутат Госдумы. Мы занимались выборами, занимались Москвой, которую я хорошо знаю, и в Москве у „Яблока“ были сильные позиции.

Именно тогда я получил первый опыт такой гражданско-политической борьбы. Это был „Комитет защиты москвичей“ – организация, которую мы создали для борьбы с уплотнительной застройкой. В 2004–2005 годах Лужков запланировал на месте каждой песочницы построить дом. Это была колоссальная проблема. У меня самого под окнами что-то строили. Получилось все как всегда само по себе. В партию приходили люди, жаловались. Мы раз сходили к ним на митинг, другой раз помогли, написали какие-то запросы и увидели, насколько эти практические действия были полезны как людям, так и партии. Огромное количество людей мобилизовано, у всех падает стоимость квартир. Возникла идея объединить эти разрозненные инициативные группы в „Комитет защиты москвичей“.