Почти сразу же его арестовывают органы НКВД города Баку. Ющенко в автобиографии (1945) пишет: «нарушив паспортный учёт, миня осудили сроком на три года».

В чём заключалось это нарушение паспортного режима? Скорее всего, в том, что он не прописался по новому месту жительства в установленный срок. А зачем обладателю законного паспорта нарушать паспортный режим? Это имеет смысл, если человек стремится избежать контактов с милицией.

Итак, по словам Ющенко, он получает три года. Очевидно, что, говоря о трёх годах «за нарушение паспортного учёта», Ющенко что-то не договаривает. Его версия явно не согласуется с тем, что известно об административной и уголовной практике тех лет.

Согласно постановлению ЦИК от 1 июля 1934 года «О внесении дополнений в Уголовный кодекс», лица, не имевшие паспортов, и проживавшие в местах, где наличие паспорта необходимо, наказывались штрафом 100 рублей и препровождались органами милиции к месту проживания. И лишь при рецидиве беспаспортные нарушители наказывались максимальным сроком 2 года. К тому же этот срок относился к тем, у кого не было паспорта, а у Ющенко, прибывшего из паспортизированного Харькова, паспорт был.

Он и сам пишет в автобиографии (1945), что наказали его «за нарушение паспортного учёта», а в анкете (1946) указывает, что к судебной ответственности привлекался Бакинским НКВД «за непрописку в паспортному столi». То есть он вовремя не зарегистрировался по новому месту жительства.

Это нарушение каралось штрафом, и лишь в случае рецидива — исправительно-трудовыми работами максимальным сроком на 6 месяцев. Допустим, бакинские милиционеры сочли Ющенко рецидивистом (возможно, по их мнению, он нарушил правила паспортного учёта дважды — не прописавшись в Баку, а до того — не выписавшись из Харькова), но и в этом случае максимальный срок наказания составлял 6 месяцев. Ющенко же, по его словам, осуждён на три года.