Второй афинский период целиком совпадает с периодом походов Александра Македонского, иначе говоря, с «эпохой Александра», которая была, как подчеркивает К. Маркс, временем «высочайшего внешнего расцвета» Эллады (1, 7, 98–99). Аристотель пытался внушить Александру мысль о принципиальном различии греков и не-греков. Его открытое письмо Александру «О колонизации» успеха у царя не имело. Последний повел на Ближнем Востоке совсем иную политику: он не препятствовал смешению пришлого, греческого, и местного населения. Кроме того, он вообразил себя восточным деспотом-полубогом и требовал от своих друзей и соратников соответствующих почестей. Племянник Аристотеля Каллисфен, бывший историографом Александра, отказался признать такое превращение македонского монарха в фараона и был казнен, что привело к охлаждению отношений между бывшим воспитанником и бывшим воспитателем.

Неожиданная смерть тридцатитрехлетнего Александра в Вавилоне (который он предполагал сделать столицей своей сверхдержавы) 13 июня 323 г. вызвала в Афинах антимакедокское восстание, в ходе которого представители промакедоиской партии были подвергнуты репрессиям. Не избежал общей участи и наш философ. Верховный жрец Элевсинских таинств предъявляет ему стереотипное обвинение в кощунстве. Поводом для этого послужило давнишнее стихотворение Аристотеля на смерть Гермия. Оно квалифицируется как пеан — гимн в честь бога, что не подобало смертному, а потому считалось кощунством. Не дожидаясь суда, Аристотель передает управление Ликеем Теофрасту и покидает город, дабы избавить афинян от вторичного преступления против философии (под первым преступлением мыслитель подразумевал казнь Сократа в 399 г.). Аристотель отправляется в Халкиду (на острове Эвбея), на виллу своей матери Фестиды. Через два месяца он умирает от мучившей его всю жизнь болезни желудка. Возможно, Аристотель поспешил с бегством: его друг Антипатр вскоре подавил восстание в Афинах и власть промакедонской партии была восстановлена.