Здоровье Артигаса все время ухудшалось. 20 марта 1805 года из лагеря в Такуарембо-Чико он вновь направил петицию — на сей раз уже об окончательной отставке из армии. Хирург, находившийся при экспедиции Вианы, подтвердил, что Артигас не в состоянии продолжать военную службу из-за расшатанного здоровья. Отставка его была принята, и ему было предоставлено право пользоваться военными привилегиями и право ношения военной одежды. Для Артигаса началась новая жизнь гражданского человека.

В сентябре 1805 года отец Артигаса отправляет из своего поместья письмо Дамасо Антонио Ларраньяге, священнику в Монтевидео, с просьбой начать переговоры о браке своего сына. Месяц спустя невеста передала в распоряжение Совета офицерских вдов три тысячи песо — таково было правило, установленное для женщин, вступавших в брак с военными. Свидетелем при этом был Бартоломе Идальго — в будущем известный поэт, связанный с семьей Артигасов давними узами Дружбы.

23 декабря Ларраньяга сочетал браком офицера ополчения Хосе Артигаса с Рафаэлой Росалией Вильягран, уроженкой Монтевидео. Церемония бракосочетания была весьма скромной, как вообще все, что он делал в своей жизни. Рафаэла Росалия стала второй женщиной, которая вошла в жизнь Артигаса. Первая из них, Исабель Веласкес, из испанской семьи в Сан- Доминго-де-Сориано, умерла незадолго до этого. От этого союза, как говорили, остался сын Мануэль, которому тогда было 14 лет. Артигас всегда заботился о сыне и помогал ему до последнего дня своей жизни на родине.

Так как Артигас был уволен с действительной военной службы, губернатор Руис Уидобро, покровительствовавший Артигаеу, назначил его офицером сторожевой службы, охранявшей местность от Кордона до Пеньароля. В эту должность Артигас вступил во время своего медового месяца.