Колчак указом от 4 января 1920 года, до соединения с генералом А.И.Деникиным, назначает атамана Семенова Главнокомандующим Вооруженными Силами Дальнего Востока и Иркутского военного округа и наделяет "всей полнотой военной и гражданской власти на этой территории". 6 октября 1920 года атаман переподчинился новому главкому — генерал-лейтенанту барону П.Н.Врангелю. В вооруженной борьбе с большевиками он участвовал до своей эмиграции в Манчжурию в сентябре 1921 года. Интересный и малоизвестный факт содержится в книге Семенова "О себе". Оказывается, он вызвал на дуэль главнокомандующего силами Антанты в Сибири французского генерала Жанена — за предательство им адмирала А.В.Колчака, заключавшееся в согласии Жанена на выдачу адмирала красным. Дуэль, правда, не состоялась — француз на нее не явился. Атаман Семенов — один из самых известных и влиятельных командиров Белого движения, наряду с такими его лидерами, как атаманы П.Н.Краснов, А.Г.Шкуро, А.И.Дутов, генералы А.И.Деникин, П.Н.Врангель, Н.Н.Юденич, адмирал А.В.Колчак. Под его контролем во время гражданской войны находилась огромная территория Забайкалья. Позднее его обвиняли, как и остальных лидеров Белого движения, в жестоком подавлении революционных восстаний, изъятии продовольствия и фуража у населения, истреблении большевиков и лиц, сочувствующих советской власти. Важнейший интересующий многих вопрос — это вопрос о золотом запасе Имперской России. Что же стало с ним и каково участие атамана Семенова в его вывозе из России? Согласно имеющейся в следственном деле (т.25 л.д.2–4) справке, подготовленной начальником валютного управления Минфина СССР И.Злобиным, всего белогвардейцы увезли около 500 тонн золота на сумму 664.984.657,63 полновесных царских рублей. В распоряжение атамана Семенова попало 2 вагона с 2 тысячами пудов золота (32,76 тонны). Это 722 ящика на сумму 44.044.342,06 царских рублей. Советские финансисты подсчитали, что на май 1946 года это условно составляет 203.374.749,2 советских рублей.