По иронии судьбы он был заточен именно в Петропавловскую крепость (откуда якобы «бежал» в 1869 г.). Его поведение в заключении было поистине героическим. Когда полицейский генерал Потапов предложил ему снисхождение, если он согласится стать предателем, Нечаев ударил его по лицу, разбив его до крови. Несломленный деятельный дух Нечаева действительно почти совершил чудо: Нечаеву удалось при помощи своего харизматического обаяния распропагандировать весь тюремный гарнизон, установить контакты с «Народной Волей» – и лишь предательство одного из заключенных, выдавшего его правительству, сорвало далеко идущие планы Нечаева. Караульная команда была расформирован, более 60 солдат были преданы суду, а Нечаев, заключенный в карцер, был обречен на скорую смерть от цинги и туберкулеза, которая и наступила 21 ноября 1882 г.

Но, быть может, в главном он был прав? Быть может, настоящий революционер, настоящая революционная организация по необходимости должны быть именно такими, какими он описал их в своем «Катехизисе революционера»? Как мы видели, уже Бакунин возражал ему, но, возражая, не смог дать удовлетворительного ответа и избежать противоречий. Настоящий, убедительный ответ – и ответ отрицательный был дан следующим поколением русских революционеров. После нечаевского дела русское революционное движение получило мощную прививку от «бесовщины» и «иезуитства». Кружок «чайковцев», из которого вышло героическое революционное движение 1870-х гг., возник во многом именно отталкиваясь от «нечаевщины». «Генеральство», централизм, аморализм стали бранными словами – новое движение строилось на взаимном доверии революционеров, максимальной децентрализации и отсутствии вождей, стремилось к полному нравственному и умственному развитию каждого из своих участников и безусловно отвергало принцип «цель оправдывает средства». Дух свободы, братства, равноправия и высокой нравственности был Присущ этому движению, стремящемуся не к революционному мессианству, но к слиянию с народом, чтобы разделить его долю, облегчить его участь и не только учить, но и учиться у него.