В декабре 2006 года исключен решением ЦК из СКМ РФ (незадолго до этого - из КПРФ) за критику партийной политики, идеологии и борьбу против руководства националистической "компартии".

В 2006-2007 годах работал в социальном проекте правительства Москвы «Солнечный круг», занимался рекламой, журналистикой и PR консалтингом.

С 2007 года возглавляет Центра экономических исследований ИГСО, выступает как экономический аналитик.

В 2008 году ЦЭИ ИГСО добивается серьезных успехов. Его эксперты одними из первых в России предсказали и проанализировали назревавший мировой экономический кризис. 9 июня 2008 года выходит Доклад «Кризис глобальной экономики и Россия», подготовленный под руководством Колташова. Сделанные в нем точные прогнозы и системное раскрытие природы кризиса вызывают большой интерес в России и за рубежом.

В 2008 году по инициативе Колташова ИГСО выступает с целым рядом смелых экономических прогнозов. Предсказаны: неизбежность и сроки начала падения российского жилищного рынка, крах планов внедрения биотоплива, последствия кризиса для США, Кита и ряда других стран. Точно определено время и масштаб падение мировых цен на нефть, спрогнозировано крушение мирового фондового рынка. Проанализированы особенности российской банковской сферы и описаны ожидающие ее трудности, дана оценка влиянию на хозяйственное развитие страны жестких регистрационных норм (прописки).

В рамках деятельности ЦЭИ Института получила развития теория циклов Николая Кондратьева. Было определено, что смена длинных волн в экономике происходит не в момент смены ценовой конъюнктуры, а в результате нее. Таким образом, наряду с кризисами перепроизводства были открыты циклические кризисы перенакопления, знаменующие смену модели мирового капитализма. Такие кризисы являлись одновременно системными, выражаясь в колоссальном переинвестировании капиталов.