В повседневной жизни человека рационально управляемые и спонтанные слои поведения и психики соотносятся как видимая и невидимая части айсберга. Швейцер попытался изменить это соотношение и построить свою жизнь на основаниях, задаваемых мышлением. Он исходил из убеждения, что разум дан человеку не для того, чтобы исполнять чужие приказы, следовать внешней предзаданности, а для того, чтобы самому принимать ответственные решения.

Швейцер сделал то, что вообще редко кому удается сделать. Он подверг рациональной критической переоценке не тот или иной аспект своей жизни, а всю ее как таковую. Он как бы вырвал себя из рук судьбы и случая, чтобы довериться разуму. Швейцер придерживался того же рационалистического принципа, которому следовал Сократ, говоривший, что он не может повиноваться внутренним порывам, кроме тех, какие после тщательного обдумывания находит наилучшими; он даже расширил его, распространив не только на отдельные жизненные ситуации, но и на ситуацию самой жизни. Он, как уже отмечалось, настаивал, что осуществленная им в 30-летнем возрасте смена жизненного курса явилась результатом тщательно продуманного решения. Он прав, по крайней мере в том, что хотя этот выбор и был как бы внутренне предзадан, тем не менее реальным фактом, программой деятельности он стал лишь после того, как прошел тщательную проверку мышлением, был взвешен на точных весах разума.

Швейцер подвергал рациональной критике все, для него не существовало запретных зон. Авторитет истины был для Швейцера выше всех других авторитетов. Выше авторитета отца, воле которого он, когда считал нужным, успешно противостоял еще в детстве. Выше авторитета веры: искренний христианин Швейцер докторскую работу по окончании медицинского факультета посвящает трезвому естественнонаучному анализу проблемы: страдал ли Иисус психическим расстройством или нет.