В 1855 году, желая поближе познакомиться со словаками, Божина поехала опять в Венгрию, в Тренчин, в столицу гемерскую и зволеньскую. Но австрийское правительство заподозрило ее в каких-то таинственных и вредных для политики намерениях и приказало ей немедленно оставить землю словаков.

Спустя три года, в 1858 г. она издала в свет написанное ею сочинение: «Studia, slovenské pohádky i povestí».

Известно, что после ее смерти много трудов ее остались недоконченными. Все знали, что она приготовляла в продолжение нескольких лет большое сочинение под названием «Vseslovánské pohádky a povestí»,

Последнее время своей жизни Божина Немцова проводила в деревеньке; потом приехала на некоторое время в город Литомышль, где просила г. Августа издать все свои сочинения. Болезнь ее все более и более развивалась и вынудила ее поспешить в Прагу. Несколько недель она потомилась в Праге и скончалась 22-го января 1862 года. Похороны ее были так великолепны, что ничего подобного еще не помнит чешская Прага. По окончании всех религиозных обрядов из дома «Трех лип», где лежало тело гениальной страдалицы, началось погребальное шествие. Прежде всего шли певчие, потом духовенство, почтенный каноник-ксендз Vaclav Štulc,

За гробом шли все родные покойницы, множество девиц и дам, все это одетое в глубокий траур; первая шла княгиня Thurn-Taxis вместе с писательницей Каролиной Светлой, которая несла миртовый венок. Потом, посреди тысячи людей находились впереди самые известнейшие люди земли чешской: историк Палацкий, Ригер, Браунер, Пуркиньи, князь Рудольф Турн-Таксис и другие; президент города, доктора и профессоры университета и всех училищ, литераторы, все редакторы периодических изданий, чиновники, мещане и пестрая толпа молодежи из разных учебных заведений.

Казалось, вся Прага двинулась за своей Божиной, та Прага, в которой Божина не нашла другого средства поддержать свое существование иначе, как обращением себя из поэта в смотрительницу за сумасшедшими.