Потом судьба отрывает Франклина от Арктики. Его, исполнительного и честного офицера, назначают губернатором английской колонии на Тасмании. Именно в это время на острове закончилась «черная война», в ходе которой было практически истреблено коренное население. Оставалось лишь несколько загнанных в горы семейств — предмет постоянной охоты белых колониальных чиновников. Тогда же из метрополии на остров стали прибывать корабли с неисправимыми преступниками, пополнявшими только что отстроенную каторжную тюрьму (Жюль Верн расскажет о ней в романе «Братья Кип»), К удивлению сослуживцев, новый губернатор повел себя совсем не так, как ожидалось. Писатель Ю. Давыдов в своей короткой повести о Франклине приводит высказывание одного из осевших в Хобарте англичан об этом странном колониальном начальнике: «Когда я посетил его на корабле с осужденными, только что прибывшими из Англии… он говорил с ними с такой добротой, искренностью и твердостью…»

Конечно, такие действия губернатора быстро привели его к конфликту с чиновничьей массой, и гуманный, прямодушный, честный моряк был со скандалом отозван в Лондон.

И тогда Франклин снова обращается к решению одной из важнейших географических задач: отысканию Северо-Западного прохода. В марте 1845 года его назначают командиром экспедиции, в состав которой вошли два корабля: «Эребус» и «Террор».

Моряки — народ суеверный. Каждый из них знает до мелочей, чего не надо делать, чтобы не накликать беды. В отношении Франклина сохранилась следующая история: в один из вечеров, когда приготовления к выходу в море уже заканчивались, капитан уютно расположился у себя дома на кушетке, перечитывая Шекспира. Джейн дошивала мужу форменную куртку. Закончив работу, она, опасаясь, возможно, что Джон озяб, легонько набросила ее ему на плечи. Джон в испуге посмотрел на жену, и бедной женщине сразу припомнился строгий моряцкий запрет: нельзя набрасывать форменку на уходящего в море, иначе он не вернется…