На следующее утро Александр поручил одному из своих министров ознакомиться с текстом обращения и представить ему соответствующие замечания. Несколько часов спустя на набережной Екатерининского канала он пал жертвой покушения — очередная бомба террористов достигла цели. Когда Дмитрию Набокову, который в этот момент находился у себя в Министерстве юстиции, сообщили о покушении, он немедленно бросился в Зимний дворец к одру царя. Будущий царь Александр III позднее подарил ему на память об отце пуговицы, срезанные с его окровавленной рубашки

Спустя годы знаменитый внук Дмитрия Набокова скажет о гибели Александра II: «Несмотря на свою великую литературу, Россия всегда была на редкость неприятной страной. К сожалению, сегодня русские окончательно утратили способность убивать своих тиранов»

В период правления Александра III (1881–1894) силы реакции почти полностью владели ситуацией. Главной заслугой Дмитрия Набокова как государственного деятеля было противодействие давлению, организованному с целью пересмотреть или даже уничтожить Судебные уставы 1864 года или, по крайней мере, их наиболее важные нововведения — суд присяжных и несменяемость судей. Чтобы отвести реакционную критику, он шел на необходимые уступки и допускал лишь незначительные изменения, отстаивая со спокойной твердостью основные начала Уставов. Реакционеры, «чувствуя, что у них умелою рукою отнято оружие, обвиняли Набокова в лукавстве и попустительстве»

Атаки консерваторов на министра юстиции значительно участились в 1884 году. В конце октября 1885 года влиятельный ультраконсервативный советник Александра III Константин Победоносцев составил меморандум, в котором требовал возвращения суда под начало государства — назначаемости судей, отмены института присяжных и гласности судебных заседаний. Меньше чем через неделю после этого Александр III вежливо приказал Набокову подать в отставку, к радости «лакействующей реакции», а его место министра получил ставленник Победоносцева