Уже в начале 1990-х годов Меджлисом и Духовным управлением мусульман Крыма (ДУМК) были установлены тесные связи с этническими сепаратистами Чечни и Дагестана Эти контакты сохранились и после перехода чеченских боевиков на позиции ваххабизма, объявления «джихада» России и привлечения для борьбы с российскими войсками активистов международных исламских террористических организаций. Так, по поводу событий в Дагестане в январе 1996 года М. Джеми-лев заявил: «Мы не считаем действия чеченских братьев бандитизмом. Это адекватная реакция на терроризм России». Чеченский фактор активно использовался Меджлисом и ДУМК как средство радикализации протестных акций крымских татар. Элементы исламского экстремизма четко проявились во время массовых демонстраций крымских татар (при активном участии чеченцев) в марте 1998 года в Симферополе. Блокирование железнодорожных путей и автострад привело к столкновениям с силами правопорядка, в результате которых получили ранения разной степени тяжести 47 татар и 19 сотрудников милиции.

Особенно активной публичная поддержка Меджлисом и ДУМК этнических сепаратистов и исламских радикалов в Чечне стала с осени 1999 года, когда российские федеральные войска приступили к развертыванию решительных военных действий. Чеченская тема занимала видное место в крымско-татарских газетах «Голос Крыма», «Авдет», «Къырым» и других близких к Меджлису изданиях. Лидеры и активисты Меджлиса, Исламской партии Крыма, радикальной партии «Ада-лет», Крымско-татарского молодежного центра устраивали демонстрации протеста и пикеты у Генерального консульства Российской Федерации в Севастополе, открыто выражали исламскую солидарность с «народом Ичкерии, ведущим мужественную борьбу за свою независимость против российского империализма».

Эта позиция Меджлиса не изменилась и в последующем «Группа, захватившая заложников в Москве, — говорилось в «Обращении» Президиума Меджлиса к главам государств, парламентам, международным организациям и мировой общественности в связи с захватом заложников 23 октября 2002 года, — не сделала ничего такого, что не было бы уже сотни раз бесконтрольно и безнаказанно сделано российскими войсками против гражданского населения Чечни».