Хилберг был одним из тех ученых, кто не дал превратить исследование Холокоста в еще одну идеологическую лженауку ХХ века, вроде исторического материализма. Он резко возражал против включения в изучение Холокоста различных идеологических и политических элементов, уводящих исследования с твердого документального фундамента в сферу псевдонаучных спекулятивных копаний в духе исполнителей Холокоста. Да и самим термином Холокост предпочитал не пользоваться, считал его потерявшим смысл из–за частого массового употребления. Хилберг резко выступил против нашумевшей во всем мире книги Даниэля Гольденхагена (тоже функционалиста) «Добровольные палачи Гитлера», толковавшего Холокост как проявление имманентного антисемитизма, заложенного в немецкий народ чуть ли не генетически. Хилберг возражал, что антисемитизм в Восточной Европе был сильней и страшней, чем в Германии. «Научный уровень книги – 1946 год», – гневно писал Хилберг. В отличие от критиков его самого, Хилберг даже в гневе оставался корректным и объективным. Хилберг не стал опускаться до возражений против ревизионистских домыслов Гольденхагена. Он просто указал на отсутствие в книге серьезной документальной базы. «Единственное объяснение тому, как Гольденхаген мог получить в Гарварде (за эту книгу) докторскую степень в политических науках, – писал Хилберг, – это то, что на факультете не было никого, кто мог бы проверить его работу». К критикам присоединился и Йегуда Бауэр, главный научный консультант «Яд Вашем». Академические власти Гарвардского университета тогда предпочли отмолчаться, однако ученая общественность учла замечания. Гольденхагену отказали в назначении на кафедру, которую историк–ревизионист собирался объявить «главной кафедрой Холокоста» в мире.