«Дело» началось с обвинения Белоусова в том, что лекции по естественному праву он читает в вольнодумном духе. В заявлении реакционера профессора Билевича от 7 мая 1827 года указывалось, что он «приметил у некоторых учеников некоторые основания вольнодумства», происходившие «от заблуждения в основаниях права естественного», которое Белоусов, по словам Билевича, читал не по «системе де Мартина», как было утверждено попечителем, а по собственным записям в нежелательном духе. Среди воспитанников, распевавших эту «возмутительную песню» о царских «особах», Маслянников назвал ближайших друзей Гоголя — А. С. Данилевского и Н. Я. Прокоповича. В затеянное начальством следствие были втянуты и учащиеся, которые оказались вынужденными давать свои показания о профессорах. Гоголь был всецело на стороне Белоусова, давая показания в его пользу. Он и впоследствии с исключительной теплотой относился к этому свободомыслящему, передовому профессору. В письме к своему школьному другу Г. И. Высоцкому от 19 марта 1827 года он так характеризует Белоусова: «Я не знаю, можно ли достойно выхвалить этого редкого человека. Он обходится со всеми нами совершенно как с друзьями своими, заступается за нас против притязаний конференции нашей и профессоров-школяров. И, признаюсь, ежели бы не он, то у меня недостало бы терпения здесь окончить курс». «Дело о вольнодумстве» Белоусова и других передовых профессоров Нежинской гимназии высших наук первоначально не выходило за пределы гимназии. Исполнявший обязанности директора Шаполинский принял сторону Белоусова и всячески старался прекратить это дело. Но с прибытием в октябре 1827 года в гимназию нового директора — Ясновского, дело о «вольнодумстве» приобрело политический характер и получило широкую огласку, привлекши внимание харьковского попечителя и прочих официальных инстанций.