Более полугода продолжалось следствие, после окончания которого материалы расследования посланы были в Петербург. Обвинение Белоусова вырастало уже в большое политическое дело о «мнениях, противных вере, государственному устройству и нравственности», высказываемых на лекциях рядом профессоров — Ландражином, Шаполинским и др. В мае 1828 года ученики были подвергнуты новому допросу, и у многих угрозами и репрессиями вынудили на этот раз показания, уличавшие Белоусова и других преподавателей в сеянии опасных мыслей и взглядов. Дело кончилось лишь осенью 1830 года удалением из гимназии Белоусова, Шаполинского с лишением их права преподавания и высылкой за границу Ландражина и Зингера.

Если вспомнить сунгуровское дело в Московском университете, студенческий кружок Белинского, кружок Герцена и Огарева в самом начале 30-х годов, то история о «вольнодумстве» преподавателей и студентов Гимназии высших наук станет одним из звеньев общей цепи проявлений передовой мысли, не убитой и не растоптанной на Сенатской площади 14 декабря. Не следует, конечно, преувеличивать значение «дела о вольнодумстве» в Нежинской гимназии и роли Белоусова, который отнюдь не возвышался ни до республиканских взглядов декабристов, ни до демократических настроений участников кружка Сунгурова. Однако несомненно, что вся история с расследованием «дела о вольнодумстве» в Гимназии высших наук оказала большое влияние на Гоголя, внушив ему отвращение и ненависть к реакционным чиновникам, пытавшимся задушить те здоровые и смелые всходы живой мысли, которые появились в среде гимназистов. Этим объясняется и резкий отзыв Гоголя о Нежинской гимназии в его письме к матери от 1 марта 1828 года, то есть незадолго до окончания курса. «Я не говорил никогда, — писал Гоголь, — что утерял целые шесть лет даром, скажу только, что нужно удивляться, что я в этом глупом заведении мог столько узнать еще…»