Каракозов был как раз из последних. Считая мирные средства недостаточными и не достигающими цели, он самостоятельно решился на цареубийство. Однако намерение его не встретило сочувствия друзей. Ишутин и Странден отправились за уехавшим в Петербург Каракозовым и убедили его вернуться в Москву, взяв при этом с него обещание впредь ничего подобного без их ведома и согласия не предпринимать. Тем не менее через несколько дней Каракозов вновь тайком уехал в Петербург, где совершил неудачное покушение на Александра II, выходившего после прогулки из Летнего сада.

Для расследования покушения была назначена следственная комиссия под председательством генерала М. Н. Муравьева, которая раскрыла и существование «Организации». Вместе с Каракозовым перед Верховным уголовным судом предстали еще 10 человек. Каракозов был приговорен к смертной казни. Приговор привели в исполнение 3 сентября 1866 года на Смоленском поле в Санкт-Петербурге.

Вера Засулич впоследствии скажет по этому поводу: "Каракозовское дело, конечно, займет в истории нашего движения гораздо более скромное место, чем нечаевское". Но почему? Почему так случилось, что дело Каракозова, стрелявшего в государя императора, оказалось в тени последующих дел, и в частности нечаевского дела? Почему Дмитрий Каракозов не стал родоначальником русской террористической традиции, а выстрел его в глазах современников выглядел своего рода эксцессом?

Как ни странно, все упирается в национальный вопрос.

В 1859 году И. С. Тургенев опубликовал роман «Накануне», где главным героем был выведен болгарский революционер Дмитрий Инсаров, мечтающий освободить свою родину от турецкого ига. "Освободить свою родину! — восклицала русская девушка Елена Стахова, влюбленная в Инсарова. — Эти слова и выговорить страшно — так они велики!" Надо учесть, что слова эти — "освободить свою родину" — без сомнения являлись эвфемизмом, ведь прогрессистски настроенное русское общество жаждало освобождения не меньше, чем болгарское, хотя и несколько иного рода.