В конце концов увлечение одержало верх над медицинской карьерной перспективой — в 1786 году Марат отказался от придворной должности, а с 1789 приступил к изданию газеты "Друг народа", которая с перерывами выходила до самой его смерти.

На страницах своей газеты, равно как и в публичных выступлениях, он обличал Неккера, Лафайета, Мирабо, Байи, требовал начать гражданскую войну против врагов революции, требовал низложения короля и ареста министров — он словно бы узурпировал право на революционную истину. Еще со времен занятий опытной наукой Марат привык относиться с пренебрежением ко всякого рода авторитетам, ниспровергая их направо и налево. И уже тогда пренебрежение это граничило с нетерпимостью. Словом, нет ничего удивительного в том, что, когда он заделался публицистом и политиком и оказался в гуще партийной борьбы, нетерпимость его дошла до крайнего предела и обратилась в фанатизм, в маниакальную подозрительность — владея эксклюзивным знанием того, как сделать мир счастливым, он всюду видел измену. Марат стал цепным псом революции, готовым перегрызть горло всякому, кто так или иначе приближался к тому, что он считал правом или достоянием народа.

После свержения династии Бурбонов 10 августа 1792 года, Марат был избран в комитет наблюдения, выделенный Коммуной Парижа. Во многом благодаря Марату комитет одобрил практику революционного террора (1 сентября толпа ворвалась в тюрьмы Парижа, где находились заключенные, подозреваемые в роялизме, и устроила трехдневную резню, в результате которой погибли около 10 тысяч человек и среди них 2 тысячи священников, не присягнувших республике), а созванный 20 сентября Конвент обратил террор против врагов республиканской Франции.

После того, как его избрали депутатом Конвента от Парижа, Марат вместе с Робеспьером и другими якобинцами обрушился на жирондистов.