Но когда они наконец-то дошли до этого места, отец пропустил его, сказав, что сам ничего здесь не понимает. Позднее повзрослевший Юнг часто пытался дискутировать со своим слабым, сомневающимся в собственной вере отцом, но эти дискуссии заканчивались ничем: отец и сын не понимали друг друга. Юнг все дальше отходит от церковной теологии. Ему кажется бесстыдной церковная манера восхвалять Бога, провозглашать во всеуслышание его волю, не принимая в расчет того, что тайна божественного откровения принадлежит к сугубо индивидуальной сфере. Юнг приходит к выводу, что священник ничего не знает о божественной тайне, так как в противном случае он не отважился бы говорить об этом во всеуслышание и «профанировать глубокие чувства банальными сантиментами».

Живя интенсивной внутренней жизнью, Юнг отдаляется от внешнего мира. Чувство огромного одиночества переполняет его. Знание душевных таинственных процессов, очевидно недоступное его товарищам, ответственно за то, что уже в этом возрасте Юнг ощущает себя аутсайдером. Он настолько погружен в себя, что у него начинается длительная депрессия, которая отступает только после того, как он осознанно, приложив к тому немалые усилия, возвращается к реальности. «Всю мою юность можно понять лишь в свете этой тайны. Из-за нее я был невыносимо одинок. Моим единственным значительным достижением (как я сейчас понимаю) было то, что я устоял против искушения поговорить об этом с кем-нибудь. Таким образом, мои отношения с миром были предопределены: сегодня я одинок как никогда, потому что знаю вещи, о которых никто не знает и не хочет знать», — пишет Юнг в своей автобиографии в возрасте восьмидесяти с лишним лет.

В 1895 году, то есть в возрасте двадцати лет, Юнг поступает в Базельский университет. Учиться в каком-либо другом месте было ему не по карману. В местном же университете отец выхлопотал для него бесплатное обучение. Этого факта сын стыдился, ему казалось, что он извлек выгоду из репутации своего отца, хорошего и доброго человека. Юнг долго колеблется, не зная, какие науки хочет изучать — естественные или гуманитарные. Все же он делает выбор в пользу медицинского факультета, так как медицина включает многие естественнонаучные дисциплины и, в силу своей многогранности, оставляет широкий простор для научной деятельности.