Она верила в себя как специалиста и хотела работать на пределе профессиональных возможностей. В этот период мысли ее неоднократно обращались к болезни Ленина, и она несколько раз говорила близким людям, что если бы ей разрешили, то она вылечила бы его. Учитывая характер и размеры органического поражения мозга Ленина, это представляется маловероятным.

V нее были большие профессиональные планы, но по семейным обстоятельствам в 1924 году Сабина Шпильрейн была вынуждена оставить Москву и переехать к мужу и отцу в Ростов-на-Дону. К этому времени город уже мало походил на Ростов ее юности. Жилось впроголодь. В этот период самым светлым моментом стало для нее рождение второй дочери Евы. Не мыслившая себя без любимой работы, Сабина Шпильрейн трудилась врачом в поликлинике и отдавала все, что могла, дефективным и трудным детям. Формально она была обычным врачом, но в действительности работала одновременно как психиатр, психотерапевт и педолог, успевая при этом заниматься научной работой.

Во второй половине 1925 года власти упразднили Государственный психоаналитический институт и постепенно усиливали идеологический нажим на психоаналитиков. Сабина Шпильрейн продолжала работу и писала статьи по психоанализу вплоть до начала 30-х годов. В 1931 году один из ведущих психоаналитических журналов — «Имаго» — опубликовал ее статью о детских рисунках, выполненных с открытыми и закрытыми глазами.

Ее жизнь и работа в Ростове-на-Дону с 1924 по 1942 год — наименее известный период жизни, сведения о котором пока основываются главным образом лишь на нескольких фактах и немногих (не всегда достоверных) свидетельствах очевидцев.

Она много работала и лишь изредка совершала кратковременные поездки в Москву. По мере развития событий в стране ее деятельность как психоаналитика и педолога (к тому же бывавшего за границей) становилась все более опасной. Занятия такого рода уже фактически приравнивались к особо опасным государственным преступлениям со всеми вытекающими отсюда последствиями.