С другой стороны, Иисус был таинственным образом связан с происходящим на кладбище, с одетыми в черное мрачными людьми, с тем, что в земле рыли яму и закапывали в нее человека. Любовь и доброта Иисуса казались ему сомнительными, поскольку образ Иисуса ассоциировался со священниками в черной одежде, напоминающей о похоронах. Многие годы священники вызывали у него страх, и, несмотря на все усилия, побороть недоверие к Иисусу мальчику так и не удалось.

В 1878 году мать Юнга проводит несколько месяцев в больнице в Базеле. По мнению Юнга, ее болезнь была вызвана неблагополучным браком. Мальчик реагирует на расставание с матерью экземой, он очень обеспокоен ее отсутствием.

В 1879 году семья переезжает в Клейнхюнинген, тогда деревеньку неподалеку от Базеля, а теперь его промышленный пригород. Больше всего на свете мальчика занимает мир природы: растения, звери, камни — мир таинственного. Дом, в котором жили Юнги, был построен для священника в XVIII веке. В этом доме была одна комната, на стенах которой висели старинные картины. Мальчик часами разглядывал картины, приводившие его в восхищение. «Это было единственное проявление прекрасного, известное мне».

…Карлу всего 5 лет, но отец уже начинает учить его латыни (позже великолепное знание латыни пригодилось ему при расшифровке средневековых алхимических трактатов). Поэтому, когда он в 6 лет идет в школу, учеба не вызывает никаких затруднений — мальчик уже умеет читать и быстро схватывает материал. У него появляются друзья — обычные деревенские ребята, вместе с которыми он учится. До школы Карл все время играл один, очень любил строить башни и затем разрушать их. Наконец-то у него появились товарищи для игр. Они уводили его от самого себя, от чувства неуверенности в себе и от мрачной атмосферы в доме. С самого детства Юнг ощущает свою раздвоенность; в нем как будто живут два человека одновременно: внешний и внутренний.