В 1898–1899 гг. происходит его сближение с «Миром искусства», А. Н. Бенуа, Л. Бакстом, С. П. Дягилевым и другими. Мережковский замысливает создание Новой церкви, церкви Святого Духа.

В 1900 году в журнале «Мир Божий» была напечатана вторая часть трилогии «Христос и Антихрист» — роман «Воскресшие Боги. Леонардо да Винчи».

В 1900–1902 годах, журнал «Мир искусства» напечатал крупное исследование Мережковского «Л. Толстой и Достоевский» — одну из вершин русской философской критики. В эти годы Мережковский ищет единомышленников для создания Новой церкви.

В 1901 году писатель стал одним из создателей Религиозно-Философского собрания.

29 марта 1901 г. Мережковские и Д. Философов совершают богослужение в своей Новой церкви.

В этом году Мережковские совершают поездки в Москву, встречаются с К. Д. Бальмонтом, В. Я. Брюсовым, издателями. Возникает замысел Религиозно-философских собраний.

29 ноября 1901 г. с разрешения обер-прокурора Синода Победоносцева проведено первое заседание Религиозно-философских собраний. Председатель — ректор Петербургской духовной академии Антоний, члены-учредители Д. С. Мережковский, В. В. Розанов, В. А. Тернавцев, В. С. Миролюбов.

6 декабря — знакомство с Андреем Белым.

В 1902 г. у Мережковского появляется замысел создания журнала «Новый путь».

26 марта 1902 г. Мережковский знакомится с А. А. Блоком.

14 октября 1902 г. состоялась премьера «Ипполита» Еврипида в переводе Д. С. Мережковского на сцене Александрийского театра со вступительным словом «О новом значении древней трагедии».

Зимой 1903 г. Мережковский публикует статьи о Гоголе в первом номере журнала «Новый путь».

5 апреля 1903 г. Синод издает указ о запрещении деятельности Религиозно-философских собраний. Мережковский начинает работу над романом «Петр и Алексей». Во время работы над третьей частью трилогии «Христос и Антихрист» Мережковский углубленно изучал историческую эпоху, жил среди старообрядцев, наблюдая их быт.