Он был арестован и, по личному желанию Екатерины, к удивлению всех знавших его, был в 1792 году приговорен к смерти. Его, однако, не казнили, но осудили к 15-летнему заключению в страшной Шлиссельбургской крепости, причем он был посажен в ту самую секретную камеру, где томился когда-то Иоанн Антонович. Друг Новикова, масон д-р Багрянский, изъявил желание разделить с ним его заключение. Новиков оставался в крепости вплоть до смерти Екатерины. Только Павел I освободил его, в 1796 году, в первый же день своего царствования; но Новиков вышел из крепости разбитым человеком и впал в глубокий мистицизм, наклонность к которому уже в то время проявлялась в некоторых масонских ложах.

Христианские мистики не были счастливее масонов. Один из них, Лабзин (1766—1825), пользовавшийся большим влиянием в обществе, благодаря литературным трудам, в которых он боролся с безнравственностью, окончил дни свои в ссылке. Впрочем, несмотря на правительственные преследования, и мистические христиане и масоны (некоторые ложи которых следовали учению розенкрейцеров) оказали глубокое влияние на умственную жизнь России. С восшествием на престол Александра I масоны получили возможность более свободной проповеди своих идей; выраставшее в обществе убеждение в необходимости уничтожения крепостного права, а также судебной и административной реформы, несомненно, в значительной степени было результатом проповеди масонов. Кроме того, довольно большое количество замечательных людей получили образование в московском институте «друзей», основанном Новиковым; между ними можно указать на историка Карамзина, на братьев Александра Ивановича и Николая Ивановича Тургеневых (дальних родственников великого романиста) и нескольких политических деятелей.

Судьба Радищева (1749—1802), политического писателя той же эпохи, носит еще более трагический характер.