Третье роковое решение касалось общей системы управления. В 1988 г. Горбачев пришел к выводу о необходимости радикального изменения управленческой системы. Прежняя основывалась на примате политической власти, реализуемой Коммунистической партией Советского Союза. В случае возникновения проблем в отношениях между предприятиями, они обращались в партийные инстанции. В зависимости от масштаба проблемы — в районные, городские, областные или республиканские комитеты партии. Если проблема выходила на межреспубликанский уровень, то арбитром становился Центральный комитет.

Эта система была создана Сталиным, и Горбачев решил нанести по ней решающий по важности удар. Довольно неожиданно для многих он объявил, что «дело партии — идеология», что вмешательство в производственный процесс чиновников от политики недопустимо, что лишенная партийного произвола экономическая машина огромной страны будет работать эффективнее.

Делу была придана большая общественная значимость. С санкции генерального секретаря в масштабах всей страны обсуждался вопрос, может ли нация содержать полтора миллиона паразитов — государственных чиновников, ничего не производящих, но определяющих из центра всю жизнедеятельность колоссального экономического организма. Второстепенные министерства были распущены в кратчайшие сроки, первостепенные резко сокращены. В пределах всего одного года численность служащих центральных министерств была сокращена с 1,7 млн. человек до 0,7 миллиона.

Пропаганда объявила резкое сокращение управленческого аппарата неким триумфом рациональности над безумием тупого администрирования. Даже в условиях нарождающейся гласности печать не предоставила страниц своих изданий тем чиновникам, которые видели перспективу развала межрегионального сотрудничества вследствие фактического разгрома центра.