21 ноября 1997 года был назначен и.о. председателя Комитета Государственной Думы РФ по бюджету, налогам, банкам и финансам вместо Михаила Задорнова, занявшего пост министра финансов РФ. По собственной просьбе был освобожден от обязанностей председателя МРО движения «Вперед, Россия!» (вместо него председателем стал его помощник Андрей Нестеренко).

С мая 1998 года — член Наблюдательного совета Сбербанка РФ.

20 мая 1998 года, в результате перераспределения обязанностей председателей комитетов Государственной Думы, вновь занял пост председателя Комитета по бюджету, налогам, банкам и финансам. В июле 1998 года был избран заместителем председателя Комиссии Государственной Думы по рассмотрению инвестиционных проектов особой народнохозяйственной и социальной значимости Бюджета развития РФ. 1 декабря 1998 года был включен в состав Межведомственной комиссии по оптимизации государственного оборонного заказа.

19 февраля 1999 года постановлением Государственной Думы РФ был определен членом Национального банковского совета при Центральном банке РФ — представителем Государственной Думы.

В мае 1999 года, после отставки кабинета Евгения Примакова, Жукову был предложен пост заместителя председателя Правительства РФ, курирующего экономическую политику. 19 мая 1999 года Жуков отказался от предложения войти в правительство. Он мотивировал это тем, что первоначально ему было предложено занять пост первого заместителя председателя Правительства РФ, а после встречи 19 мая между Борисом Ельциным и председателем Правительства РФ Сергеем Степашиным — только одним из семи заместителей. Он также добавил, что не намерен работать под началом первого заместителя председателя Правительства РФ Николая Аксененко.