27 мая 1999 года Указом Президента РФ был назначен председателем Пенсионного фонда РФ (ПФР) — по некоторым данным, в результате усилий Александра Волошина. 27 мая 2000 года, после избрания В.Путина на пост Президента РФ, был вновь утвержден в этой должности.

В 2000-2001 годах Зурабов руководил подготовкой проекта реформирования пенсионной системы в России (в частности, введением так называемой накопительной системы). Оппонентом проекта Зурабова выступал заместитель министра экономического развития Михаил Дмитриев. Проект Зурабова поддерживала заместитель председателя правительства Валентина Матвиенко, проект Дмитриева — Герман Греф. Одним из принципиальных различий проектов была форма хранения средств: по проекту Зурабова должны хранится не деньги, а «пенсионные права»; по проекту Дмитриева хранится должны были «живые» деньги

В июне 2001 года был назначен официальным представителем Правительства РФ при рассмотрении палатами Федерального Собрания РФ законопроекта «О пенсиях». 30 июля 2001 года был введен в состав Государственной комиссии по проведению Всероссийской переписи населения (по согласованию).

Был членом Совета директоров «Русского национального банка».

9 марта 2004 года был назначен на пост министра здравоохранения и социального развития в Кабинете М.Фрадкова.

Автор ряда книг и брошюр по пенсионной реформе.

Женат. Имеет сына и дочь. Жена — Юлия возглавляет фирму «Октопус» (импорт медицинского оборудования и материалов).

Брат Александр Юрьевич Зурабов — бывший председатель Совета директоров банка «Русский стандарт», затем — первый заместитель генерального директора ОАО «Аэрофлот — РМА», позже — председатель Совета директоров, президент ОАО «Аэрофлот».