В Госсовете Трутнев возглавлял группу по разработке промышленной стратегии. Согласно подготовленным документам, Трутнев является сторонником концессий. Группа Трутнева предлагала ввести специальный госконтроль за слияниями и поглощениями компаний, особенно — с участием нерезидентов (для предотвращения вывода капиталов из страны).

На своем губернаторском посту Трутнев неоднократно конфликтовал с В.Артюховым — особенно по вопросам «прозрачности» принятия решений.

В администрации Пермской области Трутнев даже создал собственное минэкономразвития — за два месяца до переезда в Москву. Кроме этого, Трутнев радикально реформировал экологическую отрасль в регионе — еще в 2002 году его региональная система экологического контроля, по некоторым данным, действовала весьма эффективно: требования к предприятиям, загрязняющим окружающую среду были значительно повышены, были приняты указы о возмещении ущерба и т.п. Трутнев также, по некоторым данным, пытался внедрить систему так называемого «паритетного финансирования» со стороны всех коммерческих структур области экологических и природоохранных мероприятий (эту систему сами коммерсанты назвали: «делиться надо»).

9 марта 2004 года был назначен на пост министра природных ресурсов в Кабинете М.Фрадкова. По слухам, некоторую роль в его назначении сыграл Герман Греф. Интересно, что Трутнев, по некоторым данным, является убежденным сторонником внедрения концессий

В 1998 году был награжден орденом Почета.

Одно из главных увлечений — спорт. Участвовал в чемпионате СССР по туризму (еще в институте получил звание кандидата в мастера спорта про туризму), одно время занимался вольной борьбой. С начала 1980-х годов занимается каратэ, был членом сборной страны по карате. Является обладателем 3-го дана каратэ Кекусинкай и возглавляет Федерацию каратэ Кекусинкай в Пермской области. По собственным словам, на министерском посту также не перестанет заниматься спортом: собирается оборудовать за своим кабинетом специальную комнату с тренажерами