Министерство транспорта и связи было разделено на собственно Министерство транспорта (Игорь Левитин) и Министерство информационных технологий и связи (Леонид Рейман). В составе министерства было образовано три подструктуры: Федеральная служба по надзору в сфере связи и Федеральное агентство связи были переведены из ведомства Левитина, а Федеральное агентство по информационным технологиям было образовано вновь.

Атомный и технический надзоры были выведены из-под контроля Минпромэнерго и слились в Федеральную службу по экологическому, технологическому и атомному надзору, подчиненную Правительству РФ. Служба по экологическому контролю и природопользованию в составе Минприроды была разделена на Федеральную службу по природопользованию (в составе все того же Минприроды) и «экологию», которая вошла в состав новой службы.

Федеральная служба государственной статистики и Федеральная служба по тарифам в составе Минэкономразвития и торговли были выведены в ведение Правительства РФ. Федеральное агентство по атомной энергии и Федеральное космическое агентство из подчинения Минпромэнерго также были выведены в ведение Правительства.

Федеральные службы по атомному и технологическому надзорам постигло укрупнение — они образовали единую Федеральную службу по экологическому, технологическому и атомному надзору, как упоминалось выше.

Федеральная служба по техническому регулированию и метрологии стала агентством. В составе Минобразования и науки Федеральное агентство по науке стало Федеральным агентством по науке и инновациям.

В составе Минтранспорта было образовано Федеральное агентство по геодезии и картографии. В Минкульте была также образована принципиально новая Федеральная служба по надзору за соблюдением законодательства в сфере массовых коммуникаций и охране культурного наследия.

В результате, по влиянию выиграл, безусловно, лично премьер-министр Михаил Фрадков, приобретший дополнительные полномочия и получивший в свое распоряжение дополнительные структуры и, соответственно, бюджетные средства.